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Il comune di Mesero si estende a ovest di Milano, da cui dista in linea d'aria circa 27 Km. Confina a nord con Inveruno, a est con Ossona, a sud con Marcallo, a sud-ovest con Boffalora, a ovest con Bernate Ticino e Cuggiono.
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Esso si trova conglobato nel territorio magentino, in una zona baricentrica rispetto all'area metropolitana di Milano, al polo di Novara, alla conurbazione Busto Arsizio-Gallarate-Legnano e all'area marginale di Vigevano.
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Si tratta di un territorio quindi di cerniera tra centri fortemente sviluppati e zone deboli e tendenzialmente dipendenti.
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Il territorio comunale ha un'estensione di 569 ettari ed è totalmente pianeggiante con una quota massima di 157 m. sul livello del mare verso nord ed una quota minima di 147 m. verso sud.
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Non esistono corsi d'acqua di una certa importanza, tranne un canale secondario del Villoresi, che lambisce il paese verso ovest da nord a sud, e il fontanile S. Anselmo, che, incanalato negli anni Venti, è diventato il recapito fognario ed è stato ricoperto.
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II Ticino scorre a circa 5 Km. ad ovest e il Naviglio attraversa i confinanti comuni di Cuggiono, Bernate e Boffalora.
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Le condizioni climatiche sono quelle tipiche della campagna milanese, caratterizzate da forti escursioni termiche tra la stagione estiva e quella invernale. Il numero delle giornate nebbiose risulta medio tra quelle dell'area a sud di Milano e quelle, notevolmente inferiori, del varesotto.
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Dal punto di vista geologico il terreno è costituito dal potente strato alluvionale della pianura padana: acido in quanto formato principalmente da detriti di rocce silicee. Non si riscontra presenza di argilla se non a profondità di 20 m. e oltre.
